在过去几十年中，我国农业、工业和城市的发展，再加上水利工程建设等取得的成就，为经济社会发展提供了坚实的基础保障，但同时也对自然环境形成了巨大压力，特别是对水生态系统造成了重大干扰。以水利工程建设为例，一方面，其在保障供水、发展农业灌溉和水力发电、防洪安全等方面发挥了巨大作用；另一方面，也使江河湖泊的面貌发生了巨变。在河流上建设的水坝和各类建筑物大幅度改变了河流地貌景观和水文情势；过度的水资源开发利用，造成河流干涸、断流，对水生态系统产生了重大影响。当前，我国发展已经进入战略机遇和风险挑战并存、不确定因素增多的时期，水资源短缺、水生态损害、水环境污染等新问题越来越紧迫，而这一系列亟需解决的实践问题需要系统的基础科学支撑。因此，为促进水利工程建设等行业的生态友好发展，推动人水和谐共生的水生态文明建设，亟需开展水生态学基础理论研究。
一是流域高质量发展亟需流域生态学基础理论支撑。我国流域水生态系统属于高度复合的人工—自然生态系统，特色鲜明。当前，我国长江、黄河等重点流域的高质量发展取得的成效尚不稳固，流域经济、社会、环境和生产、生活、生态用水等各方面的关系仍不完全协调。因此，为了兼顾流域可持续发展的多种需求，需要发展完善具有中国特色的流域水生态学基础理论。
二是河湖生态复苏亟需水生态学基础理论依托。我国水生态文明建设仍然面临诸多矛盾和挑战，大部分河流都经过大规模的人工改造，有些河流如黄河和海河，已经演变成高度人工控制的河流。在此条件下应结合我国的国情、水情和河流自然特征，科学提出复苏河湖生态环境路径，这就需要完善的水生态学基础理论来提出复苏的路径，为江河不老、永续利用提供基础科学依据。
三是水生濒危物种保护亟需强化水生态基础理论研究。相较于陆地生态系统，水生态系统的复杂性使得水生态的基础理论研究相对薄弱，限制了对水生濒危物种保护的深入理解和有效实施保护措施的能力，如中华鲟等保护效果不佳。为了改善水生濒危物种的保护状况，需要加强水生态学基础理论研究，提高对水生态系统的理解，并制定针对性的保护措施和计划。
四是水生态治理重大决策亟需系统性水生态学基础理论支持。系统性研究的缺乏导致针对水生态问题很难形成一个认知上的共识，使得具体水生态问题的决策和措施难以达成共识。例如，鄱阳湖该不该建闸？三峡水运新通道是否要补建鱼道？洞庭湖清淤是否合法？消落区应不应该种树？不同学者或管理者可能持有不同观点，导致决策实施具有复杂性和困难性。种种迹象表明，这些问题的解决需要大力加强水生态学基础理论研究，从而为水生态系统的管理和保护提供更科学的依据和更系统的决策支持。
为在更高阶段上进一步深化水生态基础理论研究工作，使得水生态治理具备科学的理论基础与工作范式，特提出以下建议：
一是尽快组建“水生态”方向国家实验室，加大科技投入力度，加强具有中国特色的水生态学基础理论研究。集中优势人才、装备和设施等资源，组建跨学科科研团队，开展水生态学基础理论研究，在理论指导下攻克一批卡脖子关键技术，着实提升流域水生态系统保护和修复的能力。加强生物学、生态学、地理学、水利工程学、环境科学等交叉学科研究，并促进水生态学与人工智能等新兴学科的融合，构建更为系统全面的水生态系统理论框架，科学揭示人类活动和气候变化干扰下的流域水生态系统内关键生态过程、结构和功能的变化，破解相关的系统性科学难题。
二是提升综合流域水生态系统“监测-评估-诊断-修复”一体的能力。组建全国水生态学研究网络，涵盖科研、规划、设计、管理等不同领域单位，充分考虑生态监测、健康评估、问题诊断、生态修复等环节，强强联合，优势互补，构筑合作创新平台；提升基础理论研究与实际应用的结合，以七大流域的典型河湖（库）为研究对象，将基础理论应用于具体的案例研究中，通过对水生态修复科学方法论实践摸索，打造全国河湖生态修复工作的示范基地，并鼓励和支持基础理论在水生态修复技术开发、水资源管理和水生态保护政策制定中的应用，促进水生态学理论的创新和实践的深化。
三是推动水生态问题社会共治。加强水生态环境问题的教育和科普工作，广泛普及水生态学基础理论等知识，传播水生态文明理念，不断提升全民生态文明素养；鼓励建设水生态教育实践基地，资助出版水生态学基础理论相关的科普读物和影视作品等，全方位提高全民水生态环境保护意识，引导公众积极参与水生态保护修复；鼓励社会组织和个人建言献策，推动形成全社会共同保护水生态的思想共识和行动自觉，努力营造共建共治共享格局和人与自然和谐共生的良好社会氛围。
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